醫(yī)學院分布在四平路、滬北、滬西三個校區(qū)，有基礎醫(yī)學院、護理系、生物醫(yī)學工程與納米科學研究院、十院臨床醫(yī)學院、同濟臨床醫(yī)學院、東方臨床醫(yī)學院、肺科臨床醫(yī)學院、一婦嬰臨床醫(yī)學院、附屬楊浦醫(yī)院、附屬養(yǎng)志康復醫(yī)院、附屬皮膚病醫(yī)院、附屬天佑醫(yī)院(籌)、附屬浦東精神衛(wèi)生中心(籌)、附屬普陀人民醫(yī)院(籌)、附屬康復醫(yī)院(籌)、附屬上海市第四人民醫(yī)院(籌)、附屬腦科醫(yī)院(籌)以及20余家教學醫(yī)院、社區(qū)衛(wèi)生服務中心、實習基地，臨床教學資源豐富，附屬醫(yī)院總床位數12000余張。醫(yī)學院擁有8個國家臨床重點專科(胸外科、消化內科、產科、職業(yè)病科、呼吸科、中醫(yī)科、急診醫(yī)學和臨床護理專業(yè))，和一批上海市重點學(專)科和臨床醫(yī)學中心。

　　為探尋同濟醫(yī)科的創(chuàng)新發(fā)展之路，近年來，同濟大學結合世界醫(yī)學發(fā)展前沿、未來趨勢以及國家需求，將醫(yī)科發(fā)展重點集中于對接國家重大需求、未來發(fā)展前景看好的“干細胞”“腫瘤”“腦與脊髓”“心臟”等幾大領域。2010年成立“轉化醫(yī)學高等研究院”，在各家附屬醫(yī)院布局并成立轉化醫(yī)學中心，凝煉四大方向。在建校110周年之際，基于附屬醫(yī)院的特色醫(yī)療資源，分別著力建設干細胞、腦與脊髓、心血管疾病、腫瘤生物治療等四大研究中心，采用靈活的雙聘機制，深化基礎研究與臨床應用的緊密合作。隨著這一戰(zhàn)略的深入實施，同濟大學在干細胞及轉化醫(yī)學領域的重大研究成果豐碩。同濟大學干細胞研究中心，現(xiàn)已成為上海市科創(chuàng)中心建設的重要組成部分。

　　醫(yī)學院以引進和培養(yǎng)一流人才為中心，現(xiàn)有教師系列高級職稱的在職人員共432名(含臨床醫(yī)學院及附屬醫(yī)院)，2019年具有研究生招生資格的碩士生導師519名、博士生導師291名。擁有中科院院士1名，中國工程院外籍院士1名，國家“973”和“863”計劃(含重大科學研究計劃、國家重點研發(fā)計劃)項目首席科學家17名，國家創(chuàng)新研究群體2個，教育部重點實驗室2個，教育部創(chuàng)新團隊1個，長江學者5名和國家杰出青年基金獲得者8名。聘請諾貝爾獎獲得者、中國工程院外籍院士Barry J. Marshall為特聘教授，參與本科生教學及臨床門診工作。建有以課題組長(PI)為核心的新型學術管理體制，引進和培養(yǎng)了一大批優(yōu)秀人才。尤其是在“干細胞/再生醫(yī)學”領域獲得國家“973”和重大專項多項資助，建有“國家(華東)干細胞庫”、“干細胞與再生醫(yī)學國際聯(lián)合研究中心”、上海市IV類高峰學科“上海干細胞臨床轉化研究院”，并于2019年獲批建設“國家干細胞轉化資源庫”。近年來，醫(yī)學院獲批國家自然科學基金項目逐年遞增，近5年來醫(yī)學院承擔國家自然科學基金項目占同濟大學國自然獲批總數45%左右，尤其是2019年度在杰青、優(yōu)青人才項目上獲歷史最好成績，新增杰出青年科學基金獲得者2名、優(yōu)秀青年科學基金獲得者6名。先后承擔國家重點研發(fā)計劃、“973”(含重大科學研究計劃)、“863”計劃首席項目、國家科技重大專項等項目28項。在國際頂級學術期刊發(fā)表多篇重要學術論文，其中在Nature，Science，Cell等期刊上已發(fā)表影響因子20分以上的論文22篇，獲得了包括國家自然科學二等獎、國家科技進步二等獎、教育部自然科學一等獎、上海市自然科學一等獎、上海市科學技術進步一等獎、中華醫(yī)學科技成果一等獎等在內的一批科研成果。

　　醫(yī)學院擁有臨床醫(yī)學一級學科博士、碩士學位授予權;基礎醫(yī)學一級學科博士 、碩士學位授予權;臨床醫(yī)學專業(yè)學位博士碩士學位授予權;公共衛(wèi)生與預防醫(yī)學、藥學、生物醫(yī)學工程一級學科碩士學位授予權;護理專業(yè)學位碩士授予權。醫(yī)學院每年招收全日制碩士研究生400余名，全日制博士研究生260名左右，非全日制學位博士研究生100余名。目前全日制博士碩士在校研究生2000余名，非全日制學位博士研究生500余名。

　　自2019年起，醫(yī)學院臨床醫(yī)學專業(yè)本科生(拔尖卓越培養(yǎng))以“醫(yī)學實驗班”大類招生入學。第1學年在新生院完成公共基礎課通識教育，學年末根據本人志愿及學院/專業(yè)分流標準被選拔進入臨床醫(yī)學專業(yè)(145名左右);第2～4學年完成專業(yè)基礎課和專業(yè)課程學習，同時強化早期臨床、早期科研訓練和創(chuàng)新能力培養(yǎng);第4學年末根據推免標準，按照一定比例進行本科后培養(yǎng)方向確定[本博貫通培養(yǎng)、本碩貫通培養(yǎng)、“5+3”一體化(四證合一)培養(yǎng)和常規(guī)本科培養(yǎng)];第5學年進行臨床通科實習，達到畢業(yè)標準后獲得醫(yī)學學士學位。另每年招收康復治療學專業(yè)學生30~40名，護理學專業(yè)學生10~20名，MBBS國際留學生約30名。目前，醫(yī)學院在校本科生約1000名。

　　醫(yī)學院秉承“精誠濟世，明道致遠”的辦學理念，建立了以“5+3”卓越醫(yī)師培養(yǎng)為主體、以拔尖創(chuàng)新醫(yī)學人才“貫通”培養(yǎng)為突破的臨床醫(yī)學專業(yè)人才培養(yǎng)體系，推行結果導向的醫(yī)學教育模式和課程體系，加強國際交流與合作，著力培養(yǎng)未來可發(fā)展成為具備“道術、學術、技術、藝術、仁術”綜合素養(yǎng)和能力，能夠解決臨床疑難問題、引領學科發(fā)展、具有國際競爭力的高層次、國際化的拔尖卓越醫(yī)學人才。近年來，醫(yī)學院學子先后獲得全國高等醫(yī)學院校大學生臨床技能競賽華東賽區(qū)特等獎，“挑戰(zhàn)杯”全國大學生課外學術科技作品競賽一、二、三等獎，全國大學生基礎醫(yī)學創(chuàng)新論壇暨實驗設計大賽一、二、三等獎，中國青少年科技創(chuàng)新獎，上海市青少年科技創(chuàng)新市長獎，上海大學生年度人物，寶鋼教育基金優(yōu)秀學生特等獎等獎項。

　　醫(yī)學院緊扣國家“雙一流”的戰(zhàn)略決策，積極與國際一流醫(yī)學院合作，持續(xù)探索建設國際醫(yī)學院管理、醫(yī)學教育與研究體系。目前學院已與美國、德國、澳大利亞、英國、瑞士等國的知名醫(yī)學院開展了廣泛合作，引進優(yōu)質師資與課程，搭建合作培養(yǎng)、學生交換、教師互訪任教、轉化醫(yī)學研究的國際合作平臺。每年20%~30%的學生有機會赴海外合作學校進行為期1周~3個月的交換實習或臨床輪轉;畢業(yè)生可以申請獲得國家留學基金管理委員會資助赴合作學校攻讀學位，或赴國外醫(yī)院接受包括住院醫(yī)師培養(yǎng)在內的多種形式的學習深造。學院常年邀請外籍教授來我院參加醫(yī)學基礎課和專業(yè)課的教學和學術交流。國際化已成為同濟大學醫(yī)學院的重要辦學特色之一。